Di masa modern, agama Kristen diungkapkan dalam berbagai nama. Kelompok-kelompok dengan nama yang berbeda-beda ini: Lutheran, Anglikan, Presbyterian, Katolik, dll. biasanya disebut sebagai denominasi.
Denominasionalisme adalah sebuah ideologi, yang menganggap sejumlah atau semua kelompok Kristen sebagai versi-versi dari suatu kelompok yang sama, tak peduli dengan label-label yang membedakan mereka. Namun tidak semua denominasi mengajarkan hal ini, dan ada sejumlah kelompok yang menganggap semua kelompok yang berbeda dengannya sebagai murtad atau sesat: artinya, bukan versi yang sah dari agama Kristen.
Ada sejumlah denominasi atau kelompok semi-Kristen di masa lalu yang tidak ada lagi sekarang. Misalnya kaum Gnostik (yang percaya akan dualisme esoterik), kaum Ebionit (yang menyembah saudara-saudara kandung Kristus), dan kaum Arian (yang percaya bahwa Yesus adalah suatu makhluk ciptaan dan bukan sama-sama abadi dengan Allah Bapa, dan yang untuk jangka waktu yang panjang mengalahkan jumlah kaum non-Arian di dalam lingkungan gereja yang institusional). Memang dapat diperdebatkan apakah kelompok-kelompok ini adalah ajaran sesat (doktrin baru yang berlawanan dengan doktrin-doktrin yang asli dan benar), atau apakah keyakinan-keyakinan tersebut hanya sekadar tidak dirumuskan oleh komunitas Kristen yang lebih besar hingga saat itu. Namun perpecahan terbesar dalam agama Kristen di masa kini adalah antara Gereja-gereja Ortodoks Timur, Katolik Roma, dan berbagai denominasi yang terbentuk pada masa dan sesudah Reformasi Protestan. Di kalangan Gereja Protestan juga terdapat berbagai kesatuan dan perbedaan dalam tingkat yang berbeda-beda.
Perbandingan antara kelompok-kelompok denominasional harus dihampiri dengan hati-hati. Misalnya, dalam sejumlah kelompok, jemaat adalah bagian dari satu organisasi gereja yang monolitik, sementara dalam kelompok-kelompok lainnya, masing-masing jemaat adalah sebuah organisasi yang mandiri dan otonom. Perbandingan dengan angka juga dapat menjadi masalah. Sejumlah kelompok menghitung keanggotaannya berdasarkan jumlah orang percaya yang dewasa dan anak-anak orang percaya yang dibaptiskan, sementara yang lainnya hanya menghitung orang percaya dewasa yang sudah dibaptiskan. Selain itu, barangkali ada motif-motif politik dari para penganjur atau lawan dari suatu kelompok tertentu untuk menggelembungkan atau menggemboskan jumlah keanggotaan melalui propaganda atau pengelabuan.